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El Estero del Yugo posee una biodiversidad sorprendentemente alta para su tamaño tan pequeño. Esta riqueza de especies se debe a dos circunstancias muy especiales:
1) La variedad de habitat que posee: la selva baja caducifolia, el estero y la laguna de agua dulce albergan especies de flora y fauna distintas, que al sumar nos da una gran cantidad de especies.
2) Los cambios que ocurren en estos habitat a lo largo del año, que hace que cada uno de ellos ofrezca diferentes oportunidades de alimentación y refugio que son aprovechados por especies distintas.
En un listado preliminar, se tienen de 19 especies de mamíferos, 128 especies de aves, 8 de reptiles y 4 de anfibios. Las lagunas son visitadas por especies acuáticas tanto residentes como migratorias (64 especies en laguna salobre y 57 especies en laguna dulceacuícola), entre las que destacan especies en la categoría de Protección Especial como Mycteria americana, Egretta rufescens, Parabuteo unicintus y Buteogallus anthracinus. El listado de peces, anfibios, moluscos, crustáceos, insectos, reptiles y numerosos otros grupos tanto de flora como de fauna aún está en construcción.
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